通过向废水中投加混凝剂，使废水中的胶体颗粒和悬浮物相互聚集形成较大的絮体，然后在重力作用下沉降下来。常用的混凝剂有聚合硫酸铁、氯化铁等。混凝沉淀不仅可以去除废水中的悬浮物，还能在一定程度上降低废水中的有机物含量。

针对传统氧化方法难以处理的难降解有机物，高级氧化技术如光催化氧化、臭氧氧化等被广泛应用。这些技术能够产生具有更强氧化性的自由基，从而破坏有机物的结构，使其转化为小分子无机物或易于生物降解的物质。

生物处理是制药废水处理的关键，分为好氧和厌氧两类。好氧处理利用有氧微生物氧化分解有机物为无害物质，常用方法有活性污泥法、生物接触氧化法等。厌氧处理则在无氧条件下，由厌氧微生物将有机物转化为甲烷等气体，既去污又能产生能源，但单独使用难达标，常与好氧处理结合成“厌氧+好氧”工艺，以提高处理效果。